Composé de Mischta- et de -assini, signifiant « grosse pierre » dans la langue crie, le nom Mistassini s’explique par la présence d’une imposante roche autrefois considérée comme sacrée par les peuples cris, que le père Laure situait dans la rivière Mistassini. Cette roche, associée à l’esprit Tchigog8che8, gardien du beau et du mauvais temps, aurait été un lieu de pratiques spirituelles, où l’on déposait du tabac, de l’encens ainsi que des restes de castors et de poissons en guise d’offrandes. À ce jour, cette pierre demeure introuvable.
La présence des Premières Nations sur la rivière Mistassini remonterait à l’an mil, selon les estimations d’archéologues ayant exploré le site. Les peuples autochtones de cette époque adoptaient un mode de vie nomade et fréquentaient la rivière notamment pour la pêche au doré, à la ouananiche, à la perchaude et au brochet. À la fin du XIXᵉ siècle, le père Crépeau, moine de la communauté des Trappistes de Mistassini, mentionne encore la présence de campements autochtones saisonniers, où l’on pêchait et faisait sécher le poisson, précisant que ces séjours étaient de courte durée, variant de cinq à quinze jours.
Longue de près de 300 kilomètres et couvrant un bassin versant d’environ 21 000 kilomètres carrés, la rivière Mistassini constitue le deuxième bassin hydrographique en importance de la région. Après la première chute, ses eaux peu profondes limitaient la navigation au canot, nécessitant une succession de portages. D’abord importante voie de communication entre le nord et le sud, la rivière est devenue par la suite un axe majeur de la traite des fourrures, avant d’être intégrée progressivement au territoire de colonisation.